１９５４年、航空自衛隊として発足予定だった保安隊は○ジラの出没と破壊に対抗すべく、「防衛軍空軍」として発足した。
２１世紀初頭、「環境保護」が万能な言い訳と化した世界で、白人至上主義環境保護武装組織オー シャンパシフィックピース（ＯＰＰ）は有色人種が自国の排他的経済水域外で行う遠洋漁業を１４９３
年にローマ教皇アレクサンデル６世が定めた教皇子午線の侵犯にあたると主張、白人に与えられた 領域に対する侵略行為としてミサイルフリゲート艦で漁船団をしばし襲撃していた。
事実、再三海賊行為で韓国海上警察と日本の海上保安庁がＯＰＰのメンバーを逮捕しても、ＡＰＴＯの政治指導者の大多数が白人であるため、韓国と日本はＡＰＴＯから過剰な圧力をかけられ、ＯＰＰメンバーの釈放を余儀なくされた。
今回ＯＰＰはＡＰＴＯ軍で立ち入りと戦闘が禁じられいる怪獣の住む「Ｇ水域」で爆雷による怪獣の覚醒を企てた。ＯＰＰのミサイルフリゲート艦によるこの攻撃で怪獣「ウイントス」が目覚めてしまう。ＯＰＰのフリゲート艦を撃沈しようとするアツヒロ「アツ」ミウラ３等空佐率いる第６７６飛行隊のＦ−２はＧ水域へと向かう。しかし、ＯＰＰのフリゲート艦を運用していたのが元米豪海軍将兵からなるＯＰＰの白人至上主義者のグループだったことが発覚する。米軍から攻撃をやめるよう強要され、第６７６飛行隊は基地へと帰投した。
その頃、横浜に上陸したウイントスを倒すため、タクヤ「ヤマタク」ヤマダ２等空佐率いる対怪獣専門部隊で、二線級部隊でありながら主力戦闘機Ｆ−１５Ｊを装備している第６６６飛行隊が出撃した。第６６６飛行隊の機体だけ怪獣の体に突き刺さり、内部で爆発する対怪獣ミサイルを装備している。
第６６６飛行隊は対怪獣ミサイルで怪獣ウイントスを倒すことが出来るのか？
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